Когда при работе вы сначала добавили файлы в индекс, а затем решили что-то изменить в их структуре путем .gitignore, но еще не пушили на сервер, можно изменить все путем рекэширования.
делаем изменения в .gitignore
выполняем удаления всего из кэша(либо определенных файлов)
git rm -r --cached .
добавляем все назад в индекс
git add .
коммитим
git commit -m ".gitignore fix"