Когда при работе вы сначала добавили файлы в индекс, а затем решили что-то изменить в их структуре путем .gitignore, но еще не пушили на сервер, можно изменить все путем рекэширования.

делаем изменения в .gitignore

выполняем удаления всего из кэша(либо определенных файлов)

git rm -r --cached .

добавляем все назад в индекс

git add .

коммитим

git commit -m ".gitignore fix"